Pugnas entre liberales y conservadores (1841-1876)

El 18 de febrero de 1841, una Asamblea Constituyente proclamó la separación de El Salvador de la Federación Centroamericana y aprobó su primera Constitución Política como Estado soberano e independiente. Pero fue hasta el 25 de enero de 1859 que el parlamento salvadoreño emitió el Decreto Legislativo que proclamó al Estado de El Salvador como República soberana e independiente.

Durante las tres décadas siguientes a la desintegración de la República Federal, El Salvador vivió un período de gran inestabilidad política, debido a la rivalidad entre liberales y conservadores, a los conflictos con los Estados vecinos, y a la falta de consolidación de la identidad nacional. La lucha por el gobierno entre las dos facciones, llegó al extremo que estando uno de los dos grupos en el poder, el otro partido no dudaba en pedir ayuda a los países vecinos para derrocar al gobierno contrario, por lo que en este período hubo frecuentes insurrecciones y revueltas, manteniéndose un clima constante de guerra civil.

En Centroamérica, los liberales apoyaban 

• el reconocimiento legal de las libertades individuales, 
• la liberalización del comercio, 
• la separación entre Iglesia y Estado, además de defender el unionismo centroamericano


 los conservadores, por el contrario apoyaban 

• mantener muchas de las instituciones coloniales, 
• la colaboración entre autoridades civiles y eclesiásticas
•  preferían la independencia de cada país de la antigua Federación.